각급 학교별로 교원위원, 학부모위원 선출에 이어 지역위원 선거까지 마무리된 가운데 일부 학교에서 지역위원 선출 과정이 파행적으로 운영됐다는 지적이 제기됐다.

인천광역시립학교운영위원회구성및운영에관한조례에 따르면, 지역위원은 이미 선출된 교원위원·학부모위원 당선자의 추천을 받은 후보 중 당선자들의 무기명 투표로 선출하게 돼 있다. 또한 조례에 구체적으로 규정되지 않은 선출방식은 교원위원·학부모위원 당선자의 협의를 통해 결정하도록 하고 있다.
그러나 대다수의 학교에서는 지역위원 선출방식에 대해 따로 협의를 거치지 않고 교장이 개별적으로 학부모위원 당선자에게 전화를 통해 지역위원을 추천받는 것으로 알려졌다.

부평의 ㅅ중학교의 경우 학교장이 추천한 지역위원 후보는 선출규정에도 나와 있지 않은 정견발표를 따로 할 수 있게 해 특혜시비가 불거졌으며, ㅁ초등학교의 경우 학부모위원 당선자에게 지역위원 추천일을 정확히 통보하지 않고 나중에 문제제기를 받자 학부모위원 선출 공고 시 같이 공고했으므로 문제될 것이 없다고 답한 것으로 알려졌다.
특히, 부평의 ㅂ고등학교의 경우에는 교장이 학부모위원 당선자에게 전화를 걸어 “지역위원은 학교에서 추천한 두 사람만 추천을 받는 것으로 하겠다”고 일방적으로 통보하는 등, 학교장이 전횡을 일삼는 경우도 있는 것으로 드러났다.

전교조 인천지부 이미숙 정책실장은 “현재 각 학교의 교원위원을 통해 접수된 바에 따르면, 대다수의 학교에서 조례의 규정에 따라 운영위원 당선자들 간에 지역위원 선출 협의 절차를 밟아야 함에도 불구하고 학교장 임의로 추천을 받고 선출하는 것으로 드러났다”고 밝혔다.
또한 참교육을위한전국학부모회 인천지부 노현경 지부장 역시 “학부모와 지역인사들의 학교 참여가 활발해지면서 지역위원 선출 역시 경선으로 진행되는 경우가 많은데, 이때 학교 측에서 교묘하게 학교장의 의사대로 지역위원을 선출하기 위해 탈법을 저지르는 경우가 있다”고 주장했다.

노 지부장은 “학교운영위원회가 교육자치의 꽃이 되려면 학부모, 교사, 지역인사들이 적극적으로 참여할 수 있도록 선출과정에 공정을 기해야 할 것”이라고 강조했다.